Créé en 1958 au sein de l’EHESS, le centre est le résultat des discussions que Fernand Braudel et Alexandre Koyré avaient eu dans la décennie précédente sur l’histoire des sciences et sa place parmi les sciences sociales. C’est en mémoire du rôle joué par Koyré dans cette prise de décision, et plus généralement dans le panorama français et international de l’histoire des sciences, que le centre porte son nom.